هي عبارة عن قناة ملتوية تمتد من فتحة البواب إلى الأمعاء الغليظة عند الفتحة اللفائفية الأعورية.
تتألف الأمعاء الدقيقة من ثلاثة أجزاء:


أولاً: الإثنى عشر:
أول جزء من الأمعاء الدقيقة يبلغ طوله 25 سم وهو أقصر وأوسع أجزائها يمتد الإثنى عشر من البواب إلى العوجة العفجية الصائمة وتفتح في منتصفه القناة الصفراوية وقناة البنكرياس بفتحة مشتركة. وهو بدوره يتألف من أربعة أجزاء.
ثانياً: المعي الصائم:
يمتد المعي بين الإثنى عشر والأمعاء الغليظة، وهي بطول 7 متر تقريباً.
ثالثاً: الصائم :
يشكل القسمين العلويين من الأمعاء بينما يؤلف اللفائفي الأجزاء الباقية من الأمعاء.
تقوم عضلات المعدة بنقل الطعام إلى الجزء الأول من الأمعاء الدقيقة ( ويسمى الاثنى عشري أو العفج ) حيث يتعرض إلى إنزيمات وأملاح الصفراء المخصصة أساسا لهضم الدهون، ويتم صنع الإنزيمات وأملاح الصفراء في الكبد، وتمر من خلال أنبوبة لتختون في الحوصلة الصفراوية أو المرارية، وتمر خلال أنبوبة أخرى (وتسمى القناة المرارية) لتصب في الاثنى عشر.
ينتج البنكرياس إنزيمات إضافية ليستمر هضم الطعام ويرسل هذه الإنزيمات إلى الاثنى عشر من خلال القناة البنكرياسية.
ما أن يتم تحليل الطعام إلى ملايين من الدقائق، فإن هذه الدقائق يمكن أن تمتص إلى مجرى الدم حيث تحمل إلى حيث تكون الحاجة إليها في مختلف أجزاء الجسم .