مع أن تركستان الشمالية كانت بين نارين يستعر لهيبها غربا من الحرب الروسية و شرقا من قبائل قلموق، فقد كان النزاع الداخلى يفتك بالتركستان الجنوبية، وعلى أثر هذا انتقلت حكومة ماوراء النهر من أسرة الأزبكية إلى أسرة الاسترخانيين، وهم وإن لم يتحدوا فيما بينهم لكنهم دافعوا الأعداء عن ديارهم، وبذلوا المهج و الأرواح للمحافظة على اوطانهم فلقد قاتلوا وأظهروا شجاعة فائقة أمام القلامقة الذين جاءوا من شرقى آسيا، كما أظهروا بسالة كبرى أمام غارة الروس الذين جاءوا من شرقى أوربا. وأصبحت تركستان طوال القرن السادس عشر الميلادى مجال حروب و ميدان منازعات، إذ كانوا يناضلوان عدوين قويين من الشرق والغرب فى وقت واحد، ومع هذا فقد كان النزاع فى تركستان الشرقية قويا بين الأسرة المالكة و العلماء، فقد انتقل الملك من أيدي آل جغتاي إلى أسرة مخدوم أعظم – زعيم العلماء.
و مما يستوجب الرثاء أن انضم إلى تلك المصائب الفادحة و الأخطار الجسام مصيبة جديدة من الجنوب فى أوائل القرن الثامن عشر الميلادى اعنى أعارة الفرس بقيادة نادر شاه. و قد اجتاحوا البلاد و اقتحموها و بذلك استهدفت تركستان لجميع الأخطار من جميع الجهات، و قد دافع كل من أمراء تركستان بنفسه و جنوده و لم يتحدوا فيما بينهم لتكوين جبهة قوية، إلا أن اجتياح الفرس لم يكن طويل الامد بل كان سريعا كالزلزال أو البركان غير أنه ترك أثرا سيئا فقد زاد البلاد تمزقا و تفرقا و انحلالا. و انتقل الحكم من أيدي الأمراء إلى أيدي رؤساء العشائر فكاثر عدد الحكومات و قل عدد المحكوميين، و انتقل حكم ماوراء النهر من أيدي الاسترخانيين إلى أمراء مانغيت. و لما رأى الروس أن الخطر الجنوبى قد زال بوفاة نادر شاه سنة 1747م و أن القلموق أيضا قد انهزموا أمام الحرب الصينية التى اشعلها الصين عليهم سقط فى ايديهم و وقع الرعب فى نفوسهم فبدأوا يحصنون المواقع، و يبنون القلاع فى المواطن التى احتلوها من أراض ى تركستان. و بدأ التركستانيون كذلك يعدون العدة و يتجهزون لحرب يجلون بها العدو الغربى و الروسى عن ديارهم، ولكن جيراننا من الشرق ( أعنى الصينيين ) ما كادوا ينتهون من محاربة القلموق و رأوا التركستانيين يقاتلون الروس فى الغرب، و هم ماعدا ذلك غير متحدى الكلمة انتهزوا الفرصة و أعاروا على التركستان الشرقية، و مع أن الحرب تمددت فى الشرق و الغرب مرة أخرى و وقف الأتراك بين نارين مشبوبتين فقد ثبتوا فى مواضعهم، و وقفوا ضد العدوين بما عرف عنهم من بسالة و إقدام و كانت الحرب سجالا بينهم وبين العدوين معا.
و لما بسط الإنجليز حكمهم على الهند و حاربوا الأفغان سنة 1839م بدأوا يهددون إمارة بلخ و إمارة قوقندوز و بقية الإمارات الجنوبية من تركستان. و بهذا نرى أن المصائب السابقة قد زادت شيئا آخر وهو التهديد الإنجليزى الجديد.
بعد هذا استطاع الروس أن يوجهوا حملتهم فى جد و يسيرون بخطوات سريعة حتى وصلوا إلى الخوض الاوسط لنهر سيحون.
و كانت تركستان إذ ذاك منقسمة إلى ثلاثة اقسام اصلية و هى امارات « خوقند »، و« بخارى» و « خوارزم » و ( خيوة ) بخلاف حكومات قبائل التركمان التابعة اسما إلى إمارة خيوة.
إمارة خوقند: ابتدأ الروس زحفهم اولا على إمارة خوقند و أعاروا على « آق مسجد » فاستمرت الحرب بين الطرفين سجالا إلى أواخر سنة 1813م. وفى 17 ديسمبر من تلك السنة استولى الجنرال « بروفسكى »على مدينة آق مسجد و محا اسمها و سماها باسمه.