و فى شهر مارس سنة 1858م قامت فصائل خوقند تحت قيادة الوالى يعقوب بك ( هو ملك تركستان الشرقية فيما بعد ) بحملة عنيفة على قوات الروس، و أظهروا شجاعة وافرة تعد من معجزات يعقوب بك و نهبوا ما يقرب من مائة قرية و هزموا الجنود الروسية شر هزيمة، و صد خلف يعقوب بك المسمى « باتير باش » الهجوم الذى قام به الكولونيل الروسى « بلارامبرج » فى يوليو من ذلك العام، و تقدمت حملة العام الثانى التى كان يقودها الجنرال بروفسكى ( الكونت بيروفسكى فيما بعد )، فى حذر و بطء شديد ادى إلى بذل الكثير من الأرواح بلا جدوى و كانت حامية « آق مسجد » تتألف من خمسمائة رجل و ثلاثة مدافع و قد قتل الوالى « محمد على » و الجزء ال أكبر من الحامية فى دفاعهم عن هذا الحصن، و لم يأسر الروس سوى أربعة و سبعين اسيرا معظمهم من الجرحى.
وصد الروس الجيش المرسل من خوقند بقيادة البكباشى قاسم بك لإستعادة هذا الحصن بعد أن تكبد خسارة جسيمة.
وفى سنة 1861م استولى الروس على قلعة « ينكى قورغان »، و فى سنة 1874م احتلوا مدينة « يسه ( المشهورة بميدنة تركستان ) » وعلى مدينة « اوليا آتا »، وفى سبتمبر من السنة المذكورة استولى على « جيمكند » واستطاعوا أن يحاصروا مدينة « طاشكند » من أكبر مدن تركستان بعد حروب دامية، و مقاومة عنيفة بقيادة الجنرال « تشرنايف » و استطاع الأتراك أيضا أن يردوا الروس على أعقابهم بعد تضحيات عظيمة بقيادة البطل الأمير « عليمقول » القائد العام لقوات إمارة خوقند.
ثم استعد الروس مرة ثانية لمحاصرة « طاشكند » فتقدموا واستولوا على قلعة « نيازبك » التى تبعد عن طاشكند 35 ميلا تقريبا من الشمال الشرق ( 29 ابريل سنة 1865م) و قطعوا مياه الجداول و الأنهار التى تسقى أهل المدينة و بدأت عوامل الظمأ و ما يتبعه تؤثر فى حياة الناس. و رغم ما بهم من العطش و شدة الحاجة إلى الماء فقد ثبتوا فى مواقعهم، ثم استطاع الروس أن يتقدموا ثمانية اميال و دافع الأتراك عن كل شبر من أرضهم دفاع الأبطال الاقوياء، و قاد الحملة البطل العظيم الأمير « عليمقول » و باشر بنفسه قيادة المدفعية و لكنه مع الأسف استشهد فى سبيل الله و الوطن فى 9 من شهر مايو سنة 1865م، ثم استولى الروس على قلعة « زنكى آتا » فدب الحزن و اليأس فى قلوب المسلمين بعد استشهاد هذ البطل الصنديد و القائد الاروع. و بذلك تمكنت الروس من محاصرة طاشكند حتى دخلوها، و أن الأتراك رغم هذه المفاجعة الاليمة و رغم ما بهم من العطش و الجوع لم يتخاذلوا و لم يسلموا للروس أنفسهم طائعين بل صمدوا صمود الجبال الشماء فى وجوه العواصف لا يتزحزحون و لا يستسلمون بل أداروا المعركة بالحراب و المدى فى طرقات طاشكاند و بين ازفتها و دوروبها. و لندع القائد الروسى الجنرال « تشرنايف » فاتح طاشكند » يحدثنا بنفسه عما شاهده بعينه فى الموقعة قال « إن المدينة مستعدة بأكياس الرمال (Bariikade) فى كل شوارعها، و كانت المقاومة عنيفة جدا، و قد مات كثير من الناس و هم يهاجمون جماعات أو منفردين بشوارع المدية يناضلون بفؤسهم و معاولهم، لم يستسلموا بل ماتوا على اسنة الرماح و رأى جنودنا الروس الذين اجتازوا الشوارع مقاومة عنيفة و مقاتلة شديدة و لم نبسط ايدينا على متجمع أو ناد إلا بعد أن سبحت جنودها فى بحار من الدماء » هذا هو قول عدونا اللدود الجنرال « تشرنايف »، و هذا يدل على بطولة الأتراك و مقاومتهم للعدو و دفاعهم عن الدين و الوطن. و بذلك سقطت طاشكند فى أنياب الروس و تم استيلائهم على نصف إمارة خوقند و اضطر خدايارخان أميرها أن يدخل فى حماية الروس، و لما ضايقت روسيا إمارة خوقند و قربت ساعة الاجهاز على استقلالها فطن الأمير مظفرالدين خان أمير بخارى إلى عاقبة تأخره عن مساعدة مجاوريه على صد هجمات الأعداء فتحرك لمساعدتهم و مد يد المعونة و جمع جيشا ****************ا لمحاربة الأعداء، و لكن مساعدته اتت بعد فوات الوقت المناسب واضمحلال قوى خوقند و رسوخ قدم الروس فى بلادهم من اتقن طراز و تصحبها المدافع المهلكة لذلك لم يصعب عليهم الانتصار على الجيش التركى رغما عما أبداه البخاريون الأتراك من المقاومة و الاستماتة فى الدفاع لكن لم تجدهم ببسالتهم الشخصية شيئا أمام مقذوفات الروس.